Na sua ação, a Polícia Judiciária orienta-se por valores, nomeadamente da legalidade, oportunidade, justiça e imparcialidade, proporcionalidade e integridade.
Esses valores têm em vista o respeito pelos direitos, liberdades e garantias dos cidadãos, pela dignidade humana na atuação, a equidade e diligência na prestação do serviço, a assertividade no atendimento ao público, a disponibilidade permanente para o serviço, a coragem, a lealdade e dedicação à causa pública, a legalidade e legitimidade na ação, a ética e probidade, a pro-atividade na deteção e resolução de situações problemáticas, a qualidade e eficiência dos atos administrativos praticados, na adoção de boas práticas e na prevenção de crimes.
No exercício das suas funções, o pessoal da investigação criminal da PJ, além de atuarem de acordo com os valores atrás referidos, agem no estrito respeito pelas normas do Código Deontológico da Policia Judiciária.
No âmbito das suas atribuições, a PJ recorre às medidas processuais penais, não impondo restrições ou meios de coação, além dos admitidos legalmente.